STFT INTIM didirikan berdasarkan Akte Notaris Bruno Ernst Dietz Nomor 16 tanggal 13 September 1947. Pembukaan kelas dan kuliah pertama yang dilaksanakan pada tanggal 18 September 1948 ditandai sebagai Dies Natalis STFT INTIM. Perjalanan 75 tahun STFT INTIM tahun ini merupakan peziarahan historis dan eksistensial yang terus menegaskan kehadiran bermakna kampus ini di tengah kehidupan bergereja, bermasyarakat dan berbangsa. STFT INTIM telah memberi warna tersendiri bagi geliat studi filsafat keilahian/teologi secara khusus dalam konteks Indonesia Timur dan meluas pada konteks nasional dan global.
STFT INTIM terselenggara dalam tuntunan Visi “Pada tahun 2024, STFT INTIM menjadi lembaga pendidikan tinggi di bidang ilmu filsafat keilahian/teologi dan Pendidikan agama Kristen sesuai standar nasional pendidikan tinggi yang menjadi pilihan utama di Indonesia Timur, dan dalam melayani kebutuhan gereja-gereja pembina. Visi ini adalah wujud pernyataan kehendak bersama pemangku kepentingan yang dirumuskan melalui proses pelibatan seluruh komponen terkait. Visi ini, bersama misi, tujuan dan sasaran menjadi acuan utama bagi pimpinan, dosen, tenaga kependidikan dan mahasiswa dalam mewujudkan dan membudayakan mutu sesuai standar nasional pendidikan tinggi dan KKNI sebagai acuan Kurikulum Pendidikan Tinggi.
Sebuah komitmen untuk terus meningkatkan akreditasi dari tiga Program Studi di STFT INTIM dalam gerak maju kampus ini sesuai 9 Standar BAN-PT. yaitu: (1) Visi, Misi, Tujuan dan Sasaran serta Strategi Pencapaian, (2) Tata Pamong, Tata Kelola, dan Kerja Sama, (3) Mahasiswa, (4) Sumber Daya Manusia, (5) Keuangan, Sarana dan Prasarana, (6) Pendidikan, (7) Penelitian, (8) Pengabdian kepada Masyarakat, (9) Luaran dan Capaian Tridharma: Pendidikan, Penelitian dan Pengabdian Masyarakat.
Aktualitas studi filsafat keilahian/teologi yang berkarakter lintas disipliner bahkan multidisipliner adalah ruang dinamis untuk terus menggagas dan mengembangkan dialog konstruktif dalam persentuhan konstan antara kegiatan akademik di kampus dan kemanfaatannya dalam praksis dunia kerja dan pelayanan. Studi kritis dan konstruktif terhadap konteks publik menghadirkan STFT INTIM membumi dan berdampak bagi kehidupan gereja dan masyarakat.
STFT INTIM saat ini menyelenggarakan tiga program studi yakni: 1) Program Studi Sarjana Filsafat Keilahian, 2) Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Kristen, 3) Program Studi Magister Teologi.
